有的人認為複發性阿弗他潰瘍也就是常見的口腔潰瘍和維生素B1、維生素B2、維生素B6、維生素B12缺乏有關，也有的人認為和微量元素缺乏有關比如缺鋅、鐵、硒。但是醫學上目前認為口腔潰瘍和維生素或者微量元素有關，複發性阿弗他潰瘍病因比較複雜，目前沒有確切的病因，很多人認為除了營養缺乏還與免疫因素、遺傳因素有關，有的人具有系統性疾病、病毒感染或者其他的原因都可以引起複發性阿弗他潰瘍，比如有細胞免疫或者體液免疫缺陷的時候，也就是得了自身免疫性疾病的時候就可以引起複發性阿弗他潰瘍。