有些人認為口腔潰瘍和食物中缺乏鋅、鐵、硒等元素，或者維生素B1、維生素B2、維生素B6、維生素B12，以及葉酸的攝入不足有一定的關係，但是目前複發性阿弗他潰瘍的病因非常複雜，存在明顯的個體差異。研究報道的發病因素甚多，但尚未統一，絕大多數推測複發性阿弗他潰瘍的發生可能是多種因素綜合作用的結果，普遍認為和以下因素有關：
一、免疫因素，有人觀察在得複發性阿弗他潰瘍時，病人的細胞免疫、體液免疫異常，自身免疫也出現了問題。
二、遺傳因素，複發性阿弗他潰瘍是單基因遺傳、多基因遺傳，所以和遺傳有一定的關係。
三、還和有系統性疾病，如胃腸系統的潰瘍有一定的關係。
四、有可能和感染有關。
五、有可能有些環境因素。