沙眼衣原體陽性不難治療，但應連續用藥達到足夠的療程以避免復發。沙眼衣原體可引起沙眼及成人包涵體結膜炎，還可引起尿道炎、附睪炎、宮頸炎及性病淋巴肉芽腫等泌尿生殖系統感染。多種抗菌藥物對沙眼衣原體均有良好的抑制作用，如四環素、多西環素、米諾環素等四環素類抗生素，紅黴素、螺旋黴素等大環內酯類抗生素，青黴素類、氟喹諾酮類等對沙眼衣原體均有療效。針對感染沙眼衣原體的具體部位，選用敏感的抗生素，採用局部治療或全身治療，大多數衣原體感染都能康復。