沙眼在急性期除了畏光流淚、異物感、黏膿性分泌物以外，還會合並出現結膜明顯充血，乳頭增生，以及上下穹隆部結膜濾泡，嚴重者還會併發瀰漫性角膜上皮炎以及耳前淋巴結腫大。而進入慢性期，一般無明顯不適，只有輕度的眼癢、異物感，但也會合並出現乳頭濾泡增生，以及垂簾狀角膜血管翳。病變逐漸發展，沒有得到治癒，最終被結締組織取代，形成瘢痕。