肺結核做核酸檢測能查出來，主要是通過PCR或者核酸探針，檢測特異性DNA片段進行檢測，但臨床上主要是通過痰塗片檢測、痰培養，或者支氣管鏡檢查等方法來診斷。痰結核塗片檢測是簡單、快速、易行、可靠的方法，目前推薦適用於痰檢數量比較大的患者。痰塗片檢測陽性，只能說明痰中含有抗酸桿菌，不能區分是結核分枝桿菌還是非結核分枝桿菌，這時要結合肺部影像學以及臨床症狀進行綜合判斷。
痰培養是非常準確可靠的方法，靈敏度高於痰塗片，常作為結核病診斷的金標準。同時也可以用於藥物敏感測定和菌種鑑定，一般費時比較長，為2-8周。在臨床上還可以做支氣管鏡檢查，用於診斷支氣管內膜結核和淋巴結支氣管瘻的患者，可以在病灶處鉗取活體組織進行病理學檢測，或者結核分枝桿菌培養。對於肺內病灶也可以採集分泌物，或者沖洗液標本進行病原學檢查。