甲肝疫苗注射之後，三天之內最常出現不良反應是注射部位疼痛，局部可以出現紅腫、紅斑、硬結、摸起來可以有觸痛。全身不良反應比較多見的是發熱，尤其見於注射的減毒活疫苗，如果注射的滅活疫苗，發熱出現的幾率相對會少些。
另外也可以出現頭疼、全身不適、倦怠、疲乏，也可以出現消化道的症狀，出現食慾減退、厭食、噁心，有些患者可以出現嘔吐，有些患者也可以出現腹瀉。不良反應相對來說比較輕，可以不用特殊處理，大約在48-72小時上述症狀就可以自然緩解。如果症狀非常突出，需要到醫院去就診。另外還要注意過敏反應，有些患者注射甲肝疫苗也可以出現過敏，可以出現皮疹，嚴重的患者需要及時到醫院就診。