乙肝小三陽有可能實現自然轉陰，但概率非常小，自然轉陰通常是指乙肝表面抗原轉陰。根據相關統計如果乙肝血清學指標是小三陽，沒有臨床症狀和體徵，肝功能正常，也就是慢性非活動性的乙肝病毒攜帶者，每年的自然陰轉率大概在1%-3%左右。
自然轉陰是指不經過任何治療自然轉陰，表明感染者自身徹底清除了體內的乙肝病毒，有些人還會產生抗體，但是非常罕見。絕大多數的醫生和學者都認為與自身免疫力有很大關係，具體機制還不是十分確切，而且自愈的病例比較少，很難進行綜合的對比總結。另外要注意臨床上存在乙肝小三陽自然轉陰的案例，但是幾率非常小。患者千萬不要寄希望於自然轉陰，建議採取科學、規範的措施進行治療，控制病情的惡化和發展。