乙肝病毒不能徹底清除的原因，主要包括以下幾點：
1、由於我國乙肝患者屬於母嬰垂直傳播，在患者還在年幼時身體免疫力低下，感染乙肝病毒後產生免疫耐受，所以乙肝病毒很難被清除。
2、乙肝病毒侵入肝細胞核，任何藥物都不能進入，目前世界上使用的各種治療藥物，只能被吸收進入血液，或進入到肝細胞及囊腫，而不能透過核膜進入肝細胞核，因此對進入肝細胞核的乙肝病毒沒有作用，保證細胞核基因不受干擾和破壞。
3、乙肝病毒在體內進行整合，進入肝細胞內形成了閉合環狀的DNA，就是通常所說的CCDNA，是乙肝病毒不斷複製的模板。CCDNA也就是乙肝病毒在肝細胞中的存在形式，因為藥物將血液中的病毒DNA清除後，CCDNA仍然可以複製出新的病毒，目前沒有藥物可以消除這種環狀的物質。