肥厚型心肌病可以分為梗阻性和非梗阻性，在臨床藥物治療時，需要根據不同血流動學的特點，採取相應的藥物治療。在臨床上選用的藥物主要有兩大類：1.β受體阻滯劑；2.鈣離子拮抗劑。它們主要作用是降低心肌收縮力，減慢心率，減輕運動時外周血管的擴張，從而降低左心室與流出道之間的壓差。另外，肥厚性心肌病伴隨心律失常時，也應該應用抗心律失常的藥物。伴發房顫時也需要抗凝治療。到末期出現心力衰竭時，也需要強心、利尿的藥物治療。