肥厚型非梗阻性心肌病的治療原則為鬆弛肥厚的心肌，維持正常的竇律，預防和治療各種心律失常，減輕左心室流出道的狹窄。平時注意休息，避免屏氣持重、過於勞累及情緒激動，臨床上最常用B受體阻滯劑和Ca+2拮抗劑等藥物改善患者的舒張功能，儘量避免使用增強心肌收縮力和減少心臟容量負荷的藥物，例如洋地黃、硝酸酯、利尿劑等，這些藥物能夠加重左室流出道梗阻的程度。