肥厚型心肌病可以根據患者是否合併流出道梗阻，以及惡性心律失常、心力衰竭來選擇用藥，如下：
一、對於肥厚非梗阻性心肌病，可以選擇β受體阻滯劑，如倍他樂克，非二氫吡啶類鈣拮抗劑，如合心爽，還有ACEI或ARB類藥物，如貝那普利、氯沙坦鉀等等藥物來治療。如果合併心力衰竭，也可以應用強心類藥物來治療。
二、對於肥厚梗阻性心肌病的患者，則在上述用藥的之中，不可以應用ACEI類、ARB類、強心類的藥物，因為這樣有可能會加重流出道的梗阻。