治療肥厚型心肌病無特效藥。目前治療主要是改善症狀，減少併發症和預防猝死的發生。常用藥物有：1.β受體阻滯劑：使心肌收縮減弱，從而減輕流出道梗阻，減少心肌氧耗，如普萘洛爾。2.選用鈣離子拮抗劑：具有負性肌力作用，減弱心肌收縮，如維拉帕米。3.抗心律失常藥物，控制快速室性心律失常與心房顫動，如胺碘酮。4.對於晚期已有心室收縮功能損害者，出現充血性心力衰竭者，給予抗心衰藥物，如地高辛、螺內酯、速尿等。