肥厚型心肌病治療主要在於改善症狀、減少併發症和預防猝死，治療需要個體化。一、藥物治療是基礎治療，針對流出道梗阻的藥物有β受體阻滯劑，它是梗阻性肥厚型心肌病的一線治療藥物。非二氫吡啶類鈣通道阻滯劑，它對於減輕左心室流出道梗阻也有一定的效果。針對心衰治療，可以選用ACEI類藥物，ARB、β受體拮抗劑、利尿劑等。併發房顫還需要針對房顫治療，需要口服抗凝藥物。二、手術治療。目前在歐美國家已經列入了患者首選治療。