洋地黃、異丙腎上腺素、多巴胺等正性肌力藥及強效利尿藥應避免應用。左室壓差大於50mmHg，可以外科或消融切除肥厚的室間隔肌。經皮腔間隔心肌化學消融術是將無水乙醇經導管注入供應室間隔心肌組織的間隔支血管，造成人為的間隔心肌梗死，以緩解左室流出道梗阻，是近年治療HCM的一種新方法。正性肌力藥可增加左室壓力階差，使臨床症狀加重，並可引發室性心律失常。強效利尿藥減輕心室前負荷，致左室流出道梗阻加重。