肥厚性梗阻性心肌病的治療，包括藥物治療以及手術治療兩方面。藥物治療是患者服用β受體阻滯劑倍他樂克和鈣離子拮抗劑，如地爾硫卓，以減慢心率，減少心肌收縮力，減輕梗阻。手術治療包括採用室間隔化學消融的手術，手術過程是應用酒精使冠脈的間隔支動脈閉塞，室間隔部分心肌壞死，解除流出道的梗阻。對於梗阻嚴重的患者可以行外科手術治療，對室間隔行部分切除，效果很確切。