肥厚型梗阻性心肌病，藥物治療是基礎，藥物治療具有減緩左心室梗阻，減少猝死的幾率，藥物治療還能夠減緩心率，減少室上性和室性心動過速的發生，同時藥物治療還可以緩解心力衰竭等症狀。肥厚型梗阻性心肌病，如果出現了房顫伴快速心室率，應該應用胺碘酮來糾正房顫，應用美託洛爾降低心室率，若出現持續性房顫，需要應用華法林抗凝，預防血栓形成。