腦炎和腦膜炎的區別在於所累及的部位不同，以及病因不同，腦炎一般是累及大腦實質的炎症，而腦膜炎是主要累及軟腦膜、硬腦膜和蛛網膜的炎症，一般可以不伴腦實質的病變。腦炎的病因可以包括最常見的病毒性腦炎，比如單純皰疹病毒性腦炎，還可以是由於自身免疫原因導致的自身免疫性腦炎，以及由於腫瘤導致的副腫瘤綜合徵引起的腦炎，而腦膜炎的病原菌是多樣的，可以見於結核性腦膜炎、新型隱球菌腦膜炎、HIV和梅毒螺旋體導致的腦膜炎、無菌性腦膜炎，以及會出現腫瘤所引起的腦膜癌病等等。