腦炎的後遺症可以出現頭痛、頭暈、精神行為異常、認知功能障礙，比如記憶力、計算力、視空間能力下降，出現癲癇發作、言語障礙、運動障礙，比如肢體偏癱，出現肢體麻木、不自主運動，比如出現肢體震顫或舞蹈樣動作等。還可能會出現意識水平的下降或昏迷，或者導致自主神經功能障礙，比如出現竇性心動過速、竇性心動過緩、流口水、低血壓、中樞性發熱等。