小兒乙型病毒性腦炎後遺症一般有偏癱、尿瀦留、痴呆等；嚴重的患者可能會出現終身癱瘓等後遺症。因此為了避免嚴重的後遺症出現，應該要在疾病確認後儘快接受治療。如果是單純皰疹病毒引起的腦炎，可以在醫生指導下使用阿昔洛韋等藥物來進行治療；若是受到EB病毒引起的腦炎，則需要在醫生指導下使用更昔洛韋來進行治療。若患者存在有顱高壓症狀，則需要做降溫治療。