小兒輕微的病毒性腦炎是有可能自愈的，但這種情況是存在於少數患者中，大部分患者的病情是無法自愈的，因此建議還是儘早做治療比較好，以免病情出現加重。可以在醫生指導下使用抗病毒的藥物來做治療，如阿昔洛韋等。具體藥物的使用需要在醫生指導下進行。輕微的病情一般使用藥物治療2周左右便可恢復正常，且不會存在有什麼併發症。