心源性腦栓塞最主要的治療是抗凝，減少心臟再次形成新的栓子。心源性腦栓塞最大的病因是心房顫動，房顫時在左心房，尤其是左心耳內形成血栓，一旦栓子脫落則有可能遊走至大腦動脈，形成栓塞，往往症狀嚴重，溶栓效果欠佳。對於這樣的患者，需要積極加用抗凝藥物，比如達比加群或利伐沙班等，減少心臟內血栓的形成，避免栓塞。另外一些亞急性細菌性心內膜炎的患者，心臟內也有很多贅生物，有發生脫落引起栓塞可能，這樣的患者需要行外科手術進行瓣膜修復，贅生物清除，同時加用抗生素治療。對於腦栓塞後引起的肢體障礙等，則按照神經內科標準治療進行抗凝、抗血小板、調脂，功能康復等。