腦栓塞是由於各種栓子隨血流進入腦部堵塞動脈，最常發生於管腔的狹窄部位，會導致局部腦組織缺血缺氧壞死，從而導致神經功能缺損。臨床上最常見的是心源性腦栓塞，大部分栓塞好發生於頸內動脈系統，其中大腦中動脈是最常發生栓塞的血管。還有一部分栓塞好發於椎基底動脈系統，其中基底動脈尖部和大腦後動脈是容易發生栓塞的血管。