病毒性腦膜炎屬於良性病變，及時進行治療，一般病程在兩週左右，不會超過三週，也有一定的自限性，大部分病人可以好轉，愈後良好。不過有少數類型的病毒性腦膜炎，比如單純皰疹病毒性腦炎病情相對較重，會引起腦組織的出血壞死。患者會出現偏癱、失語以及瀰漫性腦損害，並且出現意識的障礙昏迷、嗜睡，死亡率可達60%-80%。