真菌性腦膜炎為真菌感染腦膜引起的炎症，主要跟長期大量應用抗生素、激素及免疫功能低下有關。臨床表現有發熱、頭痛、嘔吐，病情進展比較緩慢，顱壓增高表現較其他腦炎更持久和嚴重，從發病至出現顯著的臨床表現，常在4周以上。腦脊液特點為：腦脊液單核細胞增多，多核白細胞比例不固定，確診有賴於腦脊液塗片墨汁染色和培養找到致病真菌，真菌比較頑固，治療療程較長。