真菌性腦膜炎通常是因感染致病性真菌或條件致病菌，如隱球菌、念珠菌、麴黴菌等，引起中樞神經系統病變的一種深部真菌病。真菌是一種廣泛存在於自然界的微生物。在人體中也存在部分真菌，在正常情況下它對人體無致病作用。但當機體抵抗力減弱，抗菌藥物、糖皮質激素、免疫抑制劑使用過多、侵入性操作頻率過多時，深部真菌病的發病率則會有所增加。