小腦萎縮的原因非常多，幾乎所有對腦細胞有害的因素，都可以造成小腦萎縮，具體如下：
第一、遺傳性因素，遺傳性小腦功能失調，由於基因突變造成小腦到一定年齡之後出現自發性凋亡，腦細胞減少之後就可以出現小腦萎縮。
第二、腦血管病，患腦血管病以後，因為小腦慢性缺血，腦細胞減少、萎縮，因此可以出現小腦萎縮。
第三、小腦炎，慢性小腦炎可以造成慢性和瀰漫性小腦病變，時間長了也會引起小腦萎縮。
第四、各種各樣的中毒，像化學物質中毒、重金屬中毒和長期喝酒等等，都會引起小腦萎縮。
第五、不明原因的小腦萎縮，這種小腦萎縮在隱源性腦萎縮當中最常見，至少有1/3的小腦萎縮查不出任何病因，也沒有遺傳背景，說明小腦萎縮有一些不知道的原因，還需要進一步的去研究。