神經性頭痛的原因有以下幾個方面：
一、睡眠不足，長期失眠、熬夜的人患神經性頭痛幾率較高。睡眠對人的精神狀態及身體素質影響很大，大腦在得不到充分休息的情況下，長期處於疲勞狀態很容易頭痛。
二、疾病，部分疾病也會引起神經頭痛，如顱內損傷、炎症、腫瘤壓迫血管、腦膜受到刺激等，都會刺激神經引發頭痛，另外鼻腔、耳部、頸部、眼部病變，也會有擴散性的影響，頭部誘發神經性頭痛。患其他疾病的患者，疾病本身的疼痛也會誘發頭痛，如枕大神經痛、腫瘤部位的疼痛、鼻竇炎等，睡眠充分、精神狀態較好，突發或常出現神經性頭痛的患者，及時到正規醫院進行頭顱核磁共振檢查，以排除無內器質性病變。
三、頸肩部肌肉軟組織損傷，肌肉長期處於緊張的狀態，會導致局部缺血、缺氧，產生很多炎症介質，會刺激神經產生頭痛的症狀。
四、有專家認為神經頭痛，與大腦皮層、丘腦和腦幹等部位的功能變化有關，會導致機體的痛覺閾值下降。
五、與患者的心理有關，如長期壓力比較大、長期焦慮、抑鬱、緊張，也會導致神經性頭痛。