枕神經痛主要和偏頭疼鑑別，偏頭疼也叫血管神經性頭疼，頭疼時有血管搏動或者血管搏動感，疼痛也比較劇烈，部分患者疼痛比較輕，病人伴有其他症狀，像血壓高或者睡眠不好等。枕神經痛是觸電樣疼痛，不敢去碰局部，稍微一碰局部，就會出現觸電樣感覺，並且就像過電樣疼。
偏頭疼一般在患者頭一側，而且疼痛部位根據枕大、枕小、耳大神經解剖部位不同而不一樣，很少有兩個枕大、枕小同時發生疼痛情況。根據疼痛的性質、疼痛部位、疼痛伴發症狀鑑別，在治療上，中醫以局部治療為主，整體治療為輔，相互配合。