病毒性腦膜炎的治療主要是抗病毒，常用阿昔洛韋或更昔洛韋製劑，靜脈滴注2-3周後改為口服。同時，由於病毒性腦炎患者常有顱內壓高的表現，因此常使用甘露醇注射液等脫水、降顱內壓的藥物。
病毒性腦膜炎的預後因病毒而異，大多數非特異性病毒治療後可以完全恢復，不留後遺症。病毒性腦膜炎屬於自限性疾病的病例很少，有些病毒性腦膜炎患者會留下明顯的後遺症，如精神和行為障礙，常見的是單純皰疹病毒感染，預後會相對較差。