脫髓鞘病變和腦囊蟲本身在病因就是不同的。但是如果症狀比較輕在臨床症狀上也可能會有相同的症狀，都有可能會出現頭疼頭暈的症狀。所以不是很好鑑別，但是兩者症狀還是有一定的區別，如果症狀不典型，可以通過腦部CT或者磁共振檢查可以幫助鑑別。同時可以通過病史，腦脊液檢查，囊蟲補體結合試驗，以及臨床症狀等予以鑑別。