腦囊蟲的治療包括驅蟲治療、對症治療和外科手術治療。驅蟲治療常用藥物是吡喹酮和阿苯達唑。吡喹酮是廣譜抗寄生蟲藥，應用時應從小量開始每次100mg每日兩次，根據病情需要可逐漸加量，一般每日總劑量不超過1000mg，成人總劑量為300mg/kg。原則上囊蟲數量多，加量較慢，囊蟲數量少，加量快。2-3月後開始第二個療程，共3-4個療程。阿苯達唑也是廣譜抗寄生蟲藥，從小劑量開始，逐漸加量，成人總劑量為300mg/kg，1個月後開始第二個療程，共3-4個療程。對症治療：用藥的過程中需要給予脫水藥和糖皮質激素減輕炎症反應和腦水腫。手術治療包括顳肌下減壓術、腦室-腹腔分流術和囊蟲摘除術。