腦部脫髓鞘疾病與腦膿腫囊蟲的鑑別可以從臨床表現，影像學等多方面鑑別，臨床表現腦脫髓鞘疾病，會出現時間的多樣性與空間的多樣性特點。患者有諸多症狀，比如頭暈，頭痛，肢體麻木，乏力，視物模糊，失明，雙下肢行走障礙等等。同時有復發，緩解再復發的特點，而腦囊蟲是不會有上述表現的，它會出現癲癇，精神異常，噁心，嘔吐，而且症狀會持續發作，在影像學上，兩者鑑別也非常明顯，經頭顱核磁就能鑑別。