腦囊蟲病一部分患者可以治癒，一部分可能會留有一定的後遺症，可以出現癲癇發作，也可能會出現肢體感覺障礙，或者是運動功能障礙。該病的治療主要包括腦囊蟲治療，臨床上一般應用吡喹酮。同時要進行驅絛蟲治療，可以口服檳榔和南瓜子。治療過程中可能會出現顱內壓增高，嚴重時可能會引起腦疝，必要時降顱壓治療，常用的藥物有甘露醇，甘油果糖和速尿。也可以用一些神經保護治療的藥物，常用的有奧拉西坦、吡拉西坦和胞二磷膽鹼。