流感病毒和冠狀病毒是兩種完全不同的病毒，流感病毒屬於正粘病毒科病毒，而冠狀病毒屬於冠狀病毒科病毒，儘管兩種病毒引起的臨床表現似乎很類似，這兩種病毒是完全獨立的。
流感病毒一般有明顯的季節性，多發生在冬春季節，也具有傳染性，多數是引起上呼吸道的感染，個別重的病人可以引起流感的肺炎。而冠狀病毒其中普通的冠狀病毒，一般傳染性是不強的，可以引起上呼吸道感染，也可以引起肺炎的表現。但是其中新型冠狀病毒，沒有明顯的季節性，而且人與人之間的傳染性比較強，傳染性要強於流感病毒的感染，而且多數患者主要表現的是無症狀或輕症，而流感多數患者表現的是上呼吸道症狀，所以這兩種病毒雖然臨床上有相似性，但是實際上兩者有明顯的差異。