痢疾的病原體是志賀菌，又稱痢疾桿菌，屬於腸桿菌科志賀菌屬，革蘭陰性桿菌，有菌毛無鞭毛、莢膜及芽孢，無動力，屬於兼性厭氧菌。志賀菌所有菌株都可產生內毒素，內毒素是引起發熱毒血癥和休克的重要因素。痢疾志賀菌還可產生外毒素，又稱為志賀毒素，具有腸毒性、神經毒性和細胞毒性，分別導致相應的臨床表現。我國目前以福氏志賀菌感染佔優勢，該菌感染者排菌時間較長，易轉成慢性。宋內志賀菌感染有增高的趨勢，但引起症狀多較輕，多呈不典型發作。痢疾志賀菌感染少見，但可引起嚴重症狀。志賀菌在糞便中數小時內死亡，但在瓜果、蔬菜及汙染物上可生存1-2周，對理化因素的抵抗力較弱，加熱60度十分鐘可被殺死，對酸和各種化學消毒劑均很敏感。