甲型流感和乙型流感的區別包括以下兩個方面，病毒的變異和流行情況不同，甲型流感每隔10-15年就會發生一次抗原性轉變，這種抗原性轉變是質的變化，可以產生新的亞型。人類對於新的亞型缺乏免疫力，可以造成世界性的大流行。乙型流感不存在抗原的轉變，不會引起世界性的大流行。
兩種病毒都存在抗原的漂移，但是甲型流感病毒在內部發生的抗原漂移，2-3年就可以發生一次，也可以造成一定規模的流行。乙型流感這種抗原的漂移新舊病毒，應該還有抗原聯繫，不能夠劃分亞型，所以只能造成局部的流行，大約5-6年發生一次。臨床表現不同，甲型流感臨床表現比較重，有高熱、全身的感染中毒症狀，而且部分病人可以出現重型的流感，引起肺炎的比較多。乙型流感病情相對比較輕，全身的感染中毒症狀沒有那麼嚴重，引起肺炎的相對比較少，所以病程相對來說也比甲型流感病程短。