對衣原體的感染首先要用抗菌藥物，如大環內酯類的藥物阿奇黴素或者是羅紅黴素，可以口服，也可以通過靜脈注射進行治療。如果對前面的藥物具有耐受性的患者，可以服用其他的抗菌藥物，如果病人的病情比較嚴重，可以用糖皮質類激素進行治療，並且伴隨有止咳平喘的藥物如川貝枇杷膏或急支糖漿，在沒有其他併發症的情況下，通過服用抗菌藥物，一般在兩週之內病人病情即可得到緩解治癒。