支原體肺炎一般是乾咳，偶咳少許粘液痰。陣發性刺激性嗆咳，治療有效後仍然咳嗽比較長時間，這是支原體肺炎的臨床特徵。除了咳嗽，還有發熱，可能有胸痛，咽痛，肌痛，腹瀉等。不能以咳嗽有沒有痰來診斷或鑑別支原體肺炎。乾咳不一定就是支原體肺炎，其他疾病如急性支氣管炎有時也表現乾咳。痰多不能排除肺炎，當合並細菌性肺炎時咳痰就比較多。