支原體肺炎早期使用適當抗生素，可減輕症狀及縮短病程。本病具有自限性，有些症狀較輕的患者不經治療可自愈。如果症狀持續或加重可以在醫生指導下服用藥物，療程一般2-3周，大環內酯類抗生素為首選，如紅黴素、羅紅黴素和阿奇黴素，對大環內酯不敏感者則可選用呼吸氟喹諾酮類，如左氧氟沙星，四環素類也用於肺炎支原體的治療。