吸入性肺膿腫最常見的致病菌是厭氧菌，厭氧菌在無氧或低氧環境下可以正常生存。當厭氧菌通過口、鼻、咽部進入人體，正常情況下身體的免疫細胞會迅速防禦清除這些厭氧菌，所以不會發病。當患者免疫力低下，過度疲勞時這些病原菌大量繁殖，就會發生病變，可誘發吸入性肺膿腫。另外，真菌、金黃色葡萄球菌、鏈球菌也可引起吸入性肺膿腫。