肺膿腫的病因常來自上呼吸道、口腔菌或者分泌物的感染，致病菌以厭氧菌為主，同時可合併需氧及兼性厭氧菌。以下原因可以引起肺膿腫：1、吸入性肺膿腫，最常見，多為誤吸口腔內分泌物導致肺部出現細菌感染引起化膿性病灶；2、膈下感染，腎周圍感染，病灶穿破膈肌直接至肺導致的；3、皮膚感染、癤腫、盆腔感染，細菌可以通過血液途徑傳播到肺部，引起肺膿腫，常發生於肺兩外周邊緣；4、阿米巴性肺膿腫。