甲亢治療的整個療程平均需要1.5-2年，如果甲亢的治療第一個階段順利，需要三個月的時間，這個時間主要是藥物的治療期，治療期中如果這個過程當中，沒有節外生枝的情況，就可能會逐漸減量，進入藥物的減量期。
藥物的減量期需要半年，甚至更長時間，這個時候經過半年或者半年以上的藥物減量期，藥物的量減到比較低的水平時候，可能需要維持一段時間，然後就進入了藥物的維持期，這個時候直到1.5-2年時間，所以甲亢平均治療的時間，1.5-2年應該是分為藥物的治療期、藥物的減量期和藥物的維持期，這三個階段組成。三個階段如果順利，療程完成就可以停藥了。有的甲亢的患者在治療的過程當中，可能會出現粒細胞的減少或者肝功能受損，有時候不得不減低甲亢的用藥劑量，甚至停藥，等待粒細胞或者肝功能受損情況糾正以後，再繼續應用甲亢的藥，這樣甲亢的治療療程有可能會拖長。