孕期甲亢對胎兒容易造成早期流產，以及胎兒發育不良，甚至是胎兒畸形的影響。但是，孕期甲亢要關注是HCG相關性的甲亢，還是真正的甲亢。如果是HCG相關性甲亢，通常與孕吐、HCG水平、多胎妊娠相關，出現一過性的甲狀腺激素水平升高。隨著孕周的增加，甲狀腺激素水平會逐漸回落，這種與HCG相關性的孕期甲亢，並不需要進行特殊處理，通常對胎兒並不會造成太大的不利影響。
如果是孕期合併有甲狀腺功能亢進症，也就是甲狀腺本身的原因所導致，T3、T4、遊離T3、遊離T4水平異常升高，對於胎兒生長發育確實會帶來影響。因為甲狀腺功能如果沒有控制良好，媽媽處於高分解狀態，會導致胎兒的營養素供應不足，導致胎兒無法有正常的良好生長環境，則在早期容易出現流產的情況，而且在發育過程中胎兒容易出現生長發育不良，也容易出現畸形的情況。所以對於孕期甲亢要注意觀察，注意鑑別，最終決定治療方案。