治療甲亢的藥物，如果是口服藥的話，只有甲巰咪唑和丙硫氧嘧啶這兩種。在用藥之前需要完善血常規和肝功的檢查，需要在血常規、白細胞和肝功轉氨酶允許的範圍內，應用這兩種甲亢的藥物，在治療過程中也要監測血常規和肝功。另外治療甲亢還可以通過口服碘-131的辦法，這是一個放射性的碘治療；
治療甲減的藥物在臨床上現在只有左旋甲狀腺片，也就是優甲樂這一類的藥物，一般來說就是以優甲樂治療為主。