甲狀腺常見的炎症有急性甲狀腺炎、亞急性甲狀腺炎、橋本氏甲狀腺炎，臨床上常見的是亞急性甲狀腺炎和橋本氏甲狀腺炎。
發生亞急性甲狀腺炎時都是給予對症處理，給予退燒藥、止疼藥，只有極少數患者可發生永久性甲減，需要給予左甲狀腺激素替代治療，症狀嚴重的患者可給予糖皮質激素進行治療。亞急性甲狀腺炎是由病毒感染所導致的甲狀腺疾病，患者可出現上呼吸道感染的症狀，2-3周以後甲狀腺出現結節、疼痛、觸痛明顯。早期由於甲狀腺激素釋放入血，患者可產生一過性甲亢，隨之出現一過性甲減，然後到達恢復期，由於是病毒感染，基本多呈自限性，整個病史大約2-3個月。
橋本氏甲狀腺炎屬於自身免疫性疾病，患者最終發生甲狀腺功能減退症。在沒有發生甲減時，暫時不需要特殊的治療，只是定期複查，發生甲減時給予左甲狀腺激素替代治療。