橋本氏甲狀腺炎也叫慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，是人體的免疫系統在保護甲狀腺的時候誤傷甲狀腺，把甲狀腺固有成分叫甲狀腺球蛋白和甲狀腺微粒體認為是敵人產生自身防禦。通過測定甲狀腺自身抗體，比如甲狀腺球蛋白抗體和甲狀腺微粒體抗體，就能臨床診斷橋本氏甲狀腺炎。
橋本氏甲狀腺炎患者的甲狀腺有些人增大，有些人縮小，甲狀腺裡面淋巴細胞又非常多，它的結構被破壞。絕大部分橋本氏甲狀腺炎的患者最後出現甲減的機會會明顯增高，當然在疾病的變化當中，有些人也可能出現一過性的血中甲狀腺激素破壞性的增多，表現為一過性的甲亢。橋本氏甲狀腺炎診斷以後最重要的治療是根據功能是否有紊亂，如果出現的甲狀腺激素水平增高，需要對症治療。如果合併了真正的甲亢，也就是甲狀腺合成分泌甲狀腺激素增多，往往使用抗甲狀腺的藥物或者碘-131，甚至手術治療。但是往往合併橋本氏甲狀腺炎的甲亢對於藥物治療比較敏感，非常慎重的採取手術或碘-131治療，因為發生甲減的機率會增多。
如果橋本氏甲狀腺炎合併的甲減，通常使用左甲狀腺激素替代治療。如果橋本氏甲狀腺炎甲狀腺功能正常，通常不需要特別治療。不根據抗體水平的高低來進行橋本氏甲狀腺炎治療的啟動，如果橋本甲狀腺炎合併甲狀腺明顯的腫大，有壓迫症狀比如造成呼吸困難、吞嚥困難，可能會在醫生的指導下，特別是普通外科的醫生指導下手術治療。