甲狀腺炎和橋本甲狀腺炎都屬於自身免疫性甲狀腺炎，免疫系統出了錯誤，把甲狀腺某些自己的成分認為是敵人，產生了防禦反應，產生各種抗體。抗體並不是直接破壞人體，但是自身免疫出現了，造成甲狀腺組織受到影響破壞，可能會造成一過性的甲狀腺功能減退，或者一過性甲狀腺毒症。
但是橋本甲狀腺炎最後出現甲減的機會更多，出現甲減也不要著急，根據病情的需要使用左甲狀腺素鈉僅行替代治療。另外，像亞急性甲狀腺炎是病毒相關的自限性疾病，是由於抵抗力下降，病毒乘虛而入，造成發熱、頸部的疼痛，甚至出現包塊。醫生明確診斷以後最重要的是需要休息，要臥床休息。另外，如果持續時間比較長、症狀嚴重，會使用藥物，但是亞急性甲狀腺炎能夠經過休息以後自行緩解，產後甲狀腺炎、橋本甲狀腺炎、亞急性甲狀腺炎的病因不完全一樣。