甲狀腺炎有多種，其中部分亞急性甲狀腺炎、急性化膿性甲狀腺炎是可以自愈的，而其他類型的甲狀腺炎，如慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，放射性甲狀腺炎是需要進行治療的，而且需要終身治療。慢性淋巴細胞性甲狀腺炎導致甲狀腺功能亢進，需要使用抗甲亢藥物進行治療，代表藥物是甲巰咪唑、丙硫氧嘧啶。當慢性淋巴性甲狀腺炎導致甲減時，需要使用甲狀腺激素替代治療。