自身免疫性甲狀腺炎是因為病毒感染後引起的變態反應性炎症，該病不是細菌感染，因此用紅黴素這類抗生素治療無效。自身免疫性甲狀腺炎在治療方面應該以緩解症狀、對症治療為主。輕微的甲狀腺炎可以短期服用解熱鎮痛藥治療，比較嚴重的患者，可以使用糖皮質激素。濫用抗生素不僅沒有治療作用，反而還會讓身體對藥物產生抗藥性。