克羅恩病的病因至今不明，可能與感染、免疫、遺傳等因素有一定關係。
1、感染因素：該病腸組織中發現副結核分枝桿菌，此菌感染可能與誘導復發有關，本病與病毒及衣原體感染無關。
2、免疫因素：該病患者體液免疫和細胞免疫均異常，說明可能是自身免疫性疾病，但確切機制有待闡明。
3、遺傳因素：克羅恩病易發生於某些特定家族中，大約20%的克羅恩病患者的一級親戚，即堂、表兄弟、姐妹或更親近的親戚存在該病，認為該病的發生存在家族聚集傾向。
4、環境因素：克羅恩病近期發病率持續增高，考慮與社會工業化有關，與居住環境的清潔度、生活方式改變、高脂飲食等有關。
5、地理因素：國家越發達，其發病率越高。而且人群從發病率低的地區移民到發病率高的地區，發病風險也隨之上升。
6、社會因素：社會經濟水平較高階層患病人數較多。